Santé-Ecologie
Publié le 15 avril 2020
Combien y a-t-il de micro-organismes pathogènes sur Terre ? Un certain nombre… un nombre gigantesque !
Un programme nord-américain, financé par US-AID (l’équivalent de notre Agence française de développement), intitulé PREDICT et financé à hauteur de 65 millions de dollars, a choisi de déterminer les espèces de virus présentes chez les chauves-souris. Pourquoi ces mammifères ? Tout simplement parce qu’ils constituent le groupe taxonomique comprenant le plus d’espèces, relativement bien connues, et que ce groupe a déjà été identifié comme porteur de nombreux virus très pathogènes pour l’humain.
Ce programme a ainsi permis d’identifier près de 380 nouveaux virus portés par ces animaux. À partir de là, les chercheurs ont effectué des calculs statistiques pour extrapoler le nombre de virus qu’il reste à découvrir chez les espèces de mammifères terrestres.
Ce nombre est estimé entre 360 000 et 460 000 nouvelles espèces de virus à découvrir. Vertigineux…
Des milliards de micro-organismes régulateurs
Les travaux menés par le programme PREDICT n’indiquent toutefois pas le pouvoir pathogène de certains de ces virus pour l’espèce humaine ; et ils n’ont d’ailleurs pas caractérisé le virus du Covid-19, responsable de la pandémie actuelle essentiellement par ce que c’est une forme recombinante et donc imprévisible par nature. Cette recherche n’a pas non plus identifié les très nombreuses espèces de bactéries, champignons parasites, helminthes ou encore protozoaires que les chauves-souris abritent. On comprend bien que le nombre de micro-organismes hébergés par ces animaux est incommensurable.
La diversité biologique en micro-organismes sur Terre est une fonction puissance du nombre d’espèces animales, c’est-à-dire qu’il faudrait multiplier ce nombre par lui-même plusieurs dizaines ou centaines de fois pour obtenir le nombre de micro-organismes totaux. C’est très certainement de plusieurs facteurs exposants qu’il faudrait estimer cette diversité en micro-organismes, en fonction du nombre d’espèces animales sur Terre. Et il faudrait le faire en prenant en compte ce qu’abritent naturellement les eaux continentales et côtières, les sols, les plantes, les systèmes racinaires de plantes…
La vie que nous voyons s’organise autour d’une diversité invisible (dark biodiversity) constituée de micro-organismes qui assurent des fonctions essentielles dans les écosystèmes. Sans eux, ces derniers s’écroulent ou sont moins résilients aux aléas et aux crises environnementales et anthropiques. Les idées qui se diffusent aujourd’hui dans le domaine médical, concernant le microbiome intestinal de l’être humain et sa diversité bactérienne comme garante d’une meilleure santé des individus, constituent des applications directes de ce que nous enseignent les écologues travaillant sur des systèmes plus complexes depuis maintenant plus de 40 ans.
Faut-il dès lors explorer et décrire cette diversité microbienne afin d’identifier les possibles agents de futures épidémies ? Nous le décririons, en ayant les moyens humains et financiers pour le faire, que des crises sanitaires se déclencheraient de manière insidieuse, avant même que ce travail titanesque ait pu faire un premier tour de toutes ces descriptions !
Puisque la vie que nous observons s’organise et se régule grâce à ces myriades de micro-organismes, quelle est la part de responsabilité des activités humaines dans les dérèglements actuels ? Aurions-nous entrouvert le couvercle de la boîte de Pandore, laissant un flux plus conséquent de micro-organismes s’échapper, avec des conséquences potentiellement désastreuses ?
La réponse est affirmative. Par nos pratiques et, plus généralement, nos organisations sociétales, nous interagissons aujourd’hui plus fortement avec les écosystèmes naturels et leur biodiversité. La déforestation en hausse dans les zones inter-tropicales – au Brésil, en Indonésie et en Afrique centrale –, mais aussi la recherche de nouvelles terres pour le développement de l’agriculture et l’installation de populations, sont autant de facteurs qui nous exposent à de nouveaux microbes et nous fait interférer avec des cycles naturels de micro-organismes, animaux en particulier.
On qualifie ces cycles d’« enzootiques » ou « sylvatiques », car un nombre important d’entre eux se déroule dans les écosystèmes forestiers, en particulier tropicaux. Ces activités humaines qui ont cours de manière massive dans de très nombreuses régions du monde, « réveillent » en quelque sorte des cycles microbiens naturels, auparavant peu ou jamais exposés aux humains.
L’accroissement de la taille des villes, notamment dans les régions intertropicales (plus de 20 villes aujourd’hui avec des populations de 8 millions d’habitants et plus), expose les populations à des dangers microbiologiques nouveaux, plus importants et plus fréquents. Cela est d’autant plus possible que ces mêmes villes concentrent en leurs marges des populations démunies, parmi les plus pauvres de la planète.
Bangkok, la capitale thaïlandaise, s’est développée rapidement au-delà de ses limites initiales. @IRD/Jean‑Pierre Montoroi, CC BY-NC-ND
En dehors de ces métropoles (Bangkok, Manaus, Lagos, par exemple), des élevages très nombreux et variés (canard, poulet, porc) se sont développés et coexistent dans les zones périurbaines ; ils facilitent le transfert de microbes des uns aux autres, mais relient aussi la faune sauvage à cette faune domestiquée et aux réceptacles que peuvent constituer les populations humaines.
C’est ici même que se trouvent les nouvelles infections humaines.
Cette réalité dépasse la fiction : elle nous rappelle notre existence d’humains vulnérables, aussi arrogants que crédules. Les agents pathogènes des hommes ne sont pas apparus le 7e jour de la Création… ils émergent au gré de nos activités et de nos pratiques par circonstance, par opportunisme. Jamais par nécessité propre.
Des pressions humaines accrues
Imaginons deux mondes : celui du dessus (Upper World), visible par chacun d’entre-nous et incluant toute la biosphère, dont les humains ; et le monde du dessous (Under World), invisible à nos yeux, constitué des millions, des milliards, de micro-organismes, ceux évoqués précédemment. Ces deux mondes ont toujours coexisté, ils s’interpénètrent. Le premier compartiment de l’Upper World n’existerait pas sans celui caché de l’Under World. Cette métaphore nous rappelle évidemment de nombreux films de science-fiction.
Mais cette image est également très proche de certains textes de la mystique et de la mythologie juives, autour de la création du golem, cet être artificiel à apparence humaine, fait d’argile, et créé pour assister et défendre son créateur. Né de la terre glaise, apparaissant très tôt dans la littérature talmudique puis dans certains contes chrétiens, il est dit dans le Talmud que Dieu, en créant Adam, le fit d’abord golem en l’extrayant de la terre. Le golem sera par la suite rappelé à la « poussière » dont il était né.
Une image extraite du film Golem (1921) de Paul Wegener. Imdb
Il existe dans l’histoire humaine, passée et récente, nombre d’analogies avec ces Upper et Under Worlds.
En défrichant la terre pour y semer les premières graines et en chassant les grands mammifères sauvages pour constituer leurs premiers troupeaux, les civilisations humaines du Néolithique ont été parmi les premières à interagir de manière importante avec l’Under World.
À la fin du Néolithique, en Mésopotamie, on estime la population humaine de plusieurs centaines de milliers d’habitants à 3 millions, mais guère plus. En France, à cette même période, on y rencontre 500 000 habitants au maximum.
Des siècles plus tard, au 1er janvier 2019 plus précisément, nous étions 7,7 milliards d’humains sur Terre. Le nombre d’animaux d’élevage, et plus singulièrement de vaches, constitue aujourd’hui 20 % de la biomasse animale de la planète. Les élevages occupent 30 % de zones occupées précédemment par la biodiversité et mettent aujourd’hui en péril près de 40 % des espaces naturels protégés.
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